Возможно, бегать не стоит вообще, раз организм отвечает уменьшением мышечной массы. (Если это, конечно, мышцы уходят)
Есть надо часто в любом случае - набираешь вес или худеешь, дело в количестве калорий и их качестве (какие и сколько б-ж-у).
Распиши своё питание за пару дней, посчитай по б-ж-у, получишь подсказки, что и как поправить. Нужна не то чтобы диета, а образ питания.
По тренировкам два варианта. Первый - сначала сушиться, проводишь обычные силовые тренировки (распиши какие) и внимательно следишь за питанием, чтобы был небольшой дефицит калорий. Аэробные нагрузки добавлять с большой осторожностью.
Второй вариант - тренинг с небольшими интервалами отдыха (круговые или СМТ), здесь дефицит калорий необязателен, жир будет гореть и потихоньку будут прирастать мышцы. За питанием следить надо не менее тщательно. Бегать не надо вообще.